Sinan'ın 1580 yılında inşa ettiği şemsi Paşa Camii ve Medresesi'nden oluşan küçük yapı grubu, ilk büyük eseri olan Mihrimah Sultan Camii gibi, Üsküdar koyunun Boğaz'ın yüksek dalgalarına karşı korunmuş Güney ucundadır. Mihrimah Sultan Camii'nin bir set üzerinde bulunmasına karşılık, Şemsi Paşa deniz seviyesinden biraz yukarıda, dalgaların zaman zaman yıkadığı dar bir yaya yolunun iç tarafına, denizle iç içe yaşayacak şekilde yerleştirilmiştir. Sinan'ın bu kararını gerçekleştirmesine, arazinin az olan eğiminin imkân verdiği görülür. Rum Mehmet Paşa Camii'nin zarif, narin ahşap evlerle oluşan mahalleyi taçlandırmasına karşılık, Şemsi Paşa Camii, kıyıda vadinin bitiminde mahalle merkezini ve binbir kıpırdanmayla sürekli oluşum halindeki Boğaziçi su sathını, küçük fakat yüce yapısıyla alçakgönüllü bir güzellik olarak tezyin eder.

Külliye, bir küçük cami, cami kütlesine bitişik Şemsi Paşa Türbesi ve cami aksına göre 45° dönük olarak yerleştirilmiş 'L' biçiminde bir medreseden oluşmaktadır.
 

Edirne Selimiye Külliyesi'nde medrese ve darülkurra'nın kare planlarının dışta kalan iki kenarına medrese odaları yerleştirilmiştir; odalardan çıkanları Selimiye'nin etkileyici mimarisiyle karşılaştıran yaklaşım, Şemsi Paşa Külliyesi'nde de görülmektedir. Öyle anlaşılıyor ki, Sinan, iki kollu medreseden çıkanların camiye yönelmelerini sağlamak, camiyi bu iki kolun çevrelediği alanın ortasında yüceltmek istemiş, onun bu arzusu planın oluşumunu belirlemiştir.  Caminin iki cephesinde yer alan direkliklerle medreseyi oluşturan iki kolun revakları arasındaki mekânın insanı koruyan dış alanlarla örtülü olması, Sinan'ın Selimiye medrese ve darülkurra avlularındaki çözümlemesini bir geometrik biçimler ilişkisiyle yeniden gündeme getirdiğini göstermektedir.

Kubbe ve yarım kubbelerin oyuk biçimleri ile şişkin ve köşeli biçimlerinin bir arada konumlanması sonucunda, hareket eden gözün karşıt biçimleri idraki ile oluşan simultanlık, Şemsi Paşa Külliyesi'nin belirleyici özelliğidir. Dört köşe trompu ile tamamlanmış şişkin ifadeli iri cami kubbesi, cami kütlesine bitişik türbeyi örten tonoz, medrese odalarını örten kubbeler dizisinin üzerinde yükselen dershane odası ve kubbesi, medrese avlusunun iç köşesinin karşısında bu noktayı vurgulayarak yükselen minare kompozisyonun dört ayrı odak noktasıdır.

 

Sinan'ın Üsküdar Mihrimah Sultan Camii ile ondan 42 yıl sonra, 1580'de inşa ettiği şemsi Paşa Camii'nin karşılaştırılması, bizi aydınlatıcı sonuçlara ulaştırabilir. Mihrimah Sultan Camii'nde cami ile medresenin birbirlerine göre az farklı iki istikamette yerleştirilmesi; kubbe kaidesi ve deniz cephesinde köşe ayaklarının dikdörtgen olması, kubbenin kübik kaide merkezinden geriye yerleştirilmesi, medrese ve cami arasındaki minarenin kalın, diğerinin ince oluşu, son cemaat yeri saçaklarından düşen derin gölgelerin bu cephede zeminle ilişkiyi gizleyerek caminin boşlukta durduğu izlenimini veren bir etki yaratması, cami kitlesinin medreseye nazaran dönerek Boğaz'a doğru yöneliyormuş gibi bir ifade taşıması, Sinan'ın bu eserinde hareket problemine nasıl yaklaştığını gösteren dikkat çekici özelliklerdir.

Üç yarım kubbe tarafından belirlenen eyvan, denize dönüktür; ön cephede giriş iç mekânı son cemaat yerine doğrudan bağlamış ve yarım kubbelerle oluşan eyvan biçimi dışarıyla bütünleşmiştir. Boğaziçi'nin Kuzeyden Sarayburnu'na kadar uzanan ve sonsuzluk etkisi yaratan mavi su sathı, gelip son cemaat yerinin saçakları altından mihraba kadar ulaşır. Şemsi Paşa Camii de, Sinan'ın Mihrimah Sultan Camii'nde uyguladığı bu düzene bağlı olarak vücut bulmuştur.

Caminin aslî malzemeleri kırma taş duvarlar ile kubbe, tromp ve tonozların kurşun kaplamalarıdır.  Buna karşılık, medrese duvarlarının taş-tuğla tekniğiyle yapılmış olması, Sinan'ın iki yapı arasındaki mahiyet ve mertebe farkını belirlemek istediğini gösterir.

 Sinan bu eserinde baklavalı sütun başlıkları üzerinde armudî kemerleri yerleştirmiş ve bu kemerleri genellikle yaptığı gibi bütün tepe pencerelerinde kullanmıştır.  Medresede tepe pencereleriyle alt pencere dizisinin tahfif kemerlerini armudî kemerlerle düzenleyerek, yükselen bir biçim düzeni elde etmiş,  böylece cami saçağının alçalan ufkî çizgiyle bitişini güçlendirmiştir. Şemsi Paşa Külliyesi'nde ise yapının küçük ölçüleri buna benzer bir çeşitliliğe imkân vermemiş olmalıdır.

Şemsi Paşa Külliyesi'nin yerleşme düzeni, Mihrimah Sultan Camii'nden oldukça farklıdır. Mihrimah Sultan Camii son cemaat yerinin saçağı altından Boğaziçi görülebilir.

Şemsi Paşa Külliyesi'ne gelince: Güneydoğu cephesindeki kapıdan camiyi sağ tarafına alarak avluya girenler, sağdan cami girişi ve son cemaat yeri direklerinin, soldan denize dik medrese revaklarının çevrelediği, Mihrimah Sultan Camii'ne doğru genişleyerek denize ulaşan meydanın deniz kıyısındaki kapısına doğru ilerledikleri takdirde, Boğaz'ı, Mihrimah Sultan Külliyesi'nden Topkapı Sarayı'na veya Karadeniz'e ulaştığı yere kadar görme imkânını bulurlar.  Mihrimah Sultan Camii mihrap duvarı ve üç yarım kubbenin örttüğü mekân, manevi dünyanın sınırını oluştururken, uzayan denizin karşı kıyısında maddî dünyaya ait sınır fark edilir. Şemsi Paşa Camii ise hemen yanı başındaki Boğaziçi'ni bütün derinliği ile kucaklayan, onunla bütünleşen bir çözümdür.