Süleymaniye'den sonra, Selimiye'nin inşaatının başladığı 1568 yılına kadar Sinan'ın vücuda getirdiği camilerin önemlilerinden biri, Rüstem Paşa Camii'dir. Bu cami, Süleymaniye Külliyesi'nin bulunduğu yamaçların Haliç'e vardığı yoğun ve hareketli Eminönü çarşı bölgesinde, altında dükkânların yer aldığı yükseltilmiş bir teras üzerine oturtulmuş, merkezî kubbe özel bir önem verilerek sekizgen kaide üzerine yerleştirildiği için çevreden görülebilen bir odak noktası niteliğini kazanmıştır.

Cami, inşa edildiğinde kıyıdan ve nispeten daha alçak olan Haliç sahil surlarından çok uzakta değildi. Haliç'ten ve Galata'dan Istanbul'a bakanlar için su seviyesinden 8 metre yükseklikteki zemin üzerinde, 6 metre yükseklikteki platforma oturan Rüstem Paşa Camii'nin, 16. asırda mevcut bulunan sahil surlarıyla hanların kubbe ve tonozlarının üzerinden görünüşü, İstanbul'u taçlandıran Süleymaniye'ye yeni bir zemin ve bir odak noktası oluşturarak katılıyor, böylece şehrin âbideler siluetini tamamlıyordu.

Cami bu özellikleriyle Sinan'ın çevre ve mimarî ilişkisine atfettiği önemi bir kez daha gözler önüne sermektedir. Son cemaat yerinin bulunduğu teras seviyesine, terasın iki köşesindeki merdivenlerle çıkılır. Son cemaat yeri, iki sıra sütunun taşıdığı bir saçakla örtülü olup bu geniş saçak ve terasın çevre duvarı, son cemaat yerini batı güneşinin olumsuz etkisinden korur ve son cemaat yerine çıkanların önüne, civardaki hanların kubbe ve tonozları üzerinden Süleymaniye'ye, Haliç'e ve Galata'ya doğru geniş bir ufuk açar.

Camiye son cemaat yerinin stalaktitli sütun başlıklarının taşıdığı revakların ortasındaki cümle kapısından girilir. Bu kapı Üsküdar Mihrimah Sultan Camii'nde olduğu gibi, camiden çıkanlara günlük hayatın gürültülü seviyesinin üzerinde, geniş son cemaat yeri saçağının altından zengin bir panorama sunar.

Cami ana kubbesi, sekiz ayak ve dört köşedeki yarım kubbelerin oluşturduğu sekizgen kaide üzerinde yer alır. Köşe yarım kubbeleriyle kare plandan kubbe kaidesine geçilmektedir. Yapının dış mimarisinde önemli bir yere sahip olan sekiz köşeli kubbe kaidesinin zemin katta oluşturduğu kare plan ise iki yan cepheye eklenen kadinlar mahfeliyle enlemesine genişletilmiştir.

Kemerler, caminin enlemesine dikdörtgen planı içine yerleştirilen dört büyük ayak, ayrıca mihrap ve giriş cephelerinde, duvar üzerinde oluşturulmuş dört ayak olmak üzere toplam sekiz ayak tarafından taşınır. Kubbenin bu kemerlerin üst seviyesindeki köşe trompları vasıtasıyla kare plandan sekiz köşeli kaideye geçilir; köşe trompları arasında yapının dört cephesinde alt tarafı pencerelerle boşaltılmış sivri kemerler, kubbeyi taşıyan sekiz köşeli kaidenin dört cephesinden caminin içini aydınlatmaktadır.

Kubbe, sekiz köşenin her birinde bir destek kemeriyle desteklenir. Köşe tromplarını oluşturan yarım kubbelerin desteklediği merkezî kubbeyi taşıyan sekiz köşeli kaideye gelen yükler, büyük cüsseli dört ayakla ve kalınlaştırılmış cephe duvarlarıyla karşılanmıştır.

Rüstem Paşa Camii'nin merkezî kubbeyi taşıyacak sekiz ayak, köşe trompları ve sekiz köşeli kubbe kaidesinin dikdörtgen bir plan içine oturtulması şeklindeki çözüm, Sinan'ın bu yapısıyla ilk defa gündeme gelmiştir. Rüstem Paşa Camii, bu açıdan bakıldığında Edirne Sultan Selim Camii'ne bir hazırlık ve Sinan'ın çözümleme girişiminin geleceğini hazırlayan bir eser olarak özel öneme sahiptir.

Rüstem Paşa Camii'nin kubbe, tromplar ve kemer sistemiyle oluşan yüksek sekiz köşeli kaidesi, farklı seviyelerdeki büyük kemerlerlerin açıklıklarının boşluklarından ışık alarak İznik çinilerinin büyüleyici güzelliklerini barındıran iç mekânı aydınlanır.

Caminin iç duvarlarını, dört büyük sekiz köşeli payenin üzerinde yer alan kemerlerin üzengi satıhları ile köşe yarım kubbelerinin kaidesine kadar kaplayan İznik çinileri, yapının yüklerini taşıyan bu unsurları ve kemerler arasında kalan alanları da kaplayarak tezyin etmektedir. Büyük taşıyıcı duvar ve paye gibi unsurlar, tamamen immateriel, renkli ve parıldayan bir satıh oluşturan bu çini kaplamaların arkasında, her biri için gerekli ölçülere sahip olarak durur.

 Bütün Orta Asya ve İran kerpiç-tuğla yapılarında, taşıyıcı duvar ve ayakların, kubbe, kemer gibi inşaî unsurların dış yüzlerini tezyin eden çiniler, yapının insanla temas eden cephesini teşkil eder. Rüstem Paşa Camii'nde ise ayak, kemer vs. gibi teknik unsurların maddî varlıklarıyla mimarinin strüktürel çözümlemesi gizlenmeden, parlak renklerle şoral motişer ve soyut geometrik çini tezyinatı, mimarinin insana temas eden dış sathını oluşturur.

Ayasofya'nın mozaiklerle kaplı satıhları ile Rüstem Paşa Camii çini kaplamalarının ortak immateriellikleri bakımından benzerlik varsa da bu benzerlik sınırlıdır ve üzerinde durulması gereken bir varlık telakkisi farkını içermektedir. Rüstem Paşa Camii çinilerle kaplanmış, cilalanmış, yuvarlak sütunlar, payeler, duvarlar, kemer, tonoz ve kubbelerden oluşmaktadır.

Ayasofya'da ise yapının belli bir seviyeden yukarısı altın zeminli mozaiklerle kaplanmıştır; burada duvarı birbirinden ayıran ve yapının maddî varlık alanına ait teknik unsurların şahsiyetlerini belirgin bir şekilde örterek gizleyen bir sanat iradesinin hakimiyeti söz konusudur.
Yapının maddî varlık alanına ait bütün unsurlarının, şahsiyetleri tadil edilmeden mimariyi oluşturmaları, Osmanlı mimarlığının değişmez bir ilkesidir.

Rüstem Paşa Camii'nde de mimarinin varlığını insanla bir arada sürdüreceği gerçeği unutulmamıştır. Yapıların teknik unsurlarının insanın ruhî ve manevî varlık alanlarındaki problemlerine cevap verecek şekilde bezemeler ve çinilerle kaplanması Osmanlı sanat iradesinin ürünüdür.

Bu eserler belirli bir uzaklıktan, çini veya kalem işi tezyinat, kumaş dokusu gibi sık tezyinî unsurların kıpırdanan, farklılaşan yapılarının bütünlüğünü oluşturur; daha yakınlarına gelindiğinde her unsurun belirgin sınırlarıyla bağımsız varlıklar olduğu kadar, içinde yer aldıkları bütünlükle beraber yücelik ve zarafet şeklindeki tezyinî niteliği taşıdıkları görülür.

Bursa Yeşil Camii'nin dershane odası tavanındaki devâsâ ölçülü Rumî yaprak motifi, Rüstem Paşa çinilerinde defalarca küçültülmüş olarak, biçim özelliğinden gelen âbidevîlik ve tezyinîlikten zerrece bir şey kaybetmeksizin yer alır. Bir küçük kâinat modeli gibi tasarlanmış çini tezyinat, içerdiği güzellikleri derinlemesine keşfedecek insanlara kendini sunmakla yetinir.