Kılıç Ali Paşa ve Şemsi Paşa camileri eşsiz bir bütünlük içinde yaygınlığa ulaşmış Sinan mimarisinin son önemli örnekleridir. Kılıç Ali Paşa, Sinan'ın mimarisini dar bir biçim ilişkisi olarak görenler tarafından 'Ayasofya'nın taklidi olarak tanımlanmıştır. Halbuki Sinan'ın, merkezî kubbeyi iki yarım kubbenin desteklediği, bu özelliğiyle Ayasofya kubbe örtüsünü hatırlatan örtü sistemini Süleymaniye'den sonra Kılıç Ali Paşa Camii'nde tekrar kullanması, bir taklit değil, onun genel mimarî yaklaşımını da aydınlatacak önemli bir yeni girişimdir.
Kılıç Ali Paşa Camii, ilk birimi Fatih Sultan Mehmed tarafından tesis edilmiş olan top döküm tesislerinin bulunduğu Tophane'nin hemen önünde, deniz kıyısında inşa edilmiştir. Bu mevki, Boğaziçi'nin güney başlangıç noktasında, Marmara'nın güçlü lodos rüzgârlarına kapalı küçük bir koydur. Savaş toplarının döküm tesisleri, bu koyun hemen sınırındaki yamaç üzerinde yer alıyor ve dökümü yapılan toplar, meyilden denize doğru kaydırılarak sal ve teknelerle taşınıyordu.
 

Tophane tesislerinin karşısından Güneydoğuya doğru ilerleyen sahil şeridi üzerindeki Kılıç Ali Paşa Camii, denize doğru ilerleyiş ifadesi taşıyacak şekilde iki yarım ve bir merkezî kubbeyle örtülmüştür. Sinan'ın, öncelikle Tophane'de dökülen toplar yüklendikten sonra Marmara'ya açılan teknelerin hareket yönünü göz önüne alarak bu tercihte bulunduğu düşünülebilir.

İki yarım kubbeyle desteklenmiş merkezî kubbenin Ayasofya'da oluşturduğu uzunlamasına mekânın, Süleymaniye'de İslâmî ibadet şekli düşünülerek yanlara doğru genişlediğini, yani Sinan'ın Ayasofya'dan tamamen farklı bir mimariyi nasıl vücuda getirdiğini görmüştük.

Sinan, Piyale Paşa Camii'nde olduğu gibi, bir ana kubbe ve iki yarım kubbeyle örttüğü Kılıç Ali Paşa Camii'nin denize, dolayısıyla sonsuzluğa açık olmasını istediği, mihrap cephesini bol ve etkileyici bir pencere düzeniyle gerçekleştirmiş olmasından anlaşılmaktadır.
Yapının iç mekân mimarisine gelince: Sinan'ın merkezî kubbeyi taşıyan iki yan cephedeki büyük kemerler ve orta mekânın iki yan cephesinin düzenlenişiyle ilgili mimarî tercihi Süleymaniye'dekinden çok farklı olup ilk nazarda Ayasofya'yı hatırlatmakla beraber teferruata ait kararlarda ondan çok farklıdır.

 

Kılıç Ali Paşa Camii'ni Ayasofya'nın bir tekrarı gibi görmek büyük bir yanılgıdır. Bu caminin iki yan cephedeki kadınlar mahfeli ile iki büyük kemeri taşıyan ve kadınlar mahfeli döşemesine basan sütunları, Ayasofya'daki gibi aynı şakulî satıh üzerinde değildir. Bu üst kemer dizisinin alt kemer dizisine göre dışa doğru itilmiş olması, alt kemer dizisinin -Zal Mahmud Paşa Camii'nde olduğu gibi- zemin üzerindeki kadınlar mahfeli döşeme seviyesini belirlemesine imkân vermektedir. Öte yandan zemin seviyesindeki her kemere, üst seviyede iki kemer isabet edecek şekilde ve sıkı bir düzenle daha narin sütunların yerleştirilmesi, kadınlar mahfeline narinlik ve daha fazla korunmuşluk ifadesi kazandırırken, zemin seviyesinin iki yana ve dışa doğru enlemesine açılma ifadesini de güçlendirmektedir.

 Ana kubbe, dört büyük kemer ve dairevî planlı dört büyük ayak, Süleymaniye'de olduğu gibi, Kılıç Ali Paşa'da da mimarî ifadenin belirgin unsurlarıdır. Namazın gerektirdiği enine mekânı oluştururken, dış duvarda yer alan çok sayıda pencereyle sonsuz mekânın güçlü bir şekilde iç mekâna bağlanması, Sinan'daki sonsuz mekânın metafizik anlamını koruma iradesinden kaynaklanmıştır.

Caminin bol gün ışığı ile aydınlatılmış ve sık bir düzenle yerleşmiş pencerelerden denizi, tekneleri, yelkenlileri, kadırgaları seyretme imkânının sağlanmış, dışarıyla aynı görsel bağlantının kadınlar mahfelinde de gerçekleştirilmiş olması, yapının taşıyan, ayıran, çeşitli yer ve seviyelerde farklılaşan birimlerine özel nitelikler ve kimlikler kazandırmıştır. Bu bakımdan Sinan'ın, Selimiye'ye aslî özelliğini kazandıran sanat iradesini Kılıç Ali Paşa'da daha da ileri götürdüğü açıktır.

Üsküdar Mihrimah Sultan Camii'nde, Boğaziçi'nin kuzeyden güneye uzayan büyük su sathını daha fark edilebilir kılmak için oluşturulmuş geniş son cemaat yeri saçaklarının tam bir benzeri Kılıç Ali Paşa Camii'nde de mevcuttur; ancak bu yapıda saçaklar kara tarafındaki giriş cephesi önünde yer alır. Deniz sathını yaşayarak ibadete gelen müminler, iki sıra sütunun taşıdığı bu geniş saçakların altından yüksek cami ana mekânına girerek iki yandaki kadınlar mahfelini taşıyan kemerlerin, tonozların oluşturduğu ufkî uzantıların altındaki pencerelerden cami hariminin çiçekli dünyasını ve denizi tekrar görüyor; iki büyük kemerle aydınlanan yan sahınları birleştiren orta mekânın, kubbe ve yarım kubbelerdeki kalem işlerinin kıpırtılarıyla varlığın her an yeniden oluşan yapısını ve yüceliğini fark ediyorlar.

Sinan, merkezî kubbeyi kıble aksı yönünde yarım kubbelerle desteklerken, diğer istikamette kıbleden dışa doğru alçalarak ilerleyen, içleri büyük kemerlerle boşaltılmış, üst seviyeleri meyilli destek duvarlarında, 20 yıl önce Mağlova Kemeri ve Selimiye'de kullandığı meyilli satıhlara yeni bir ifade kazandırmıştır; bu aynı zamanda yapının enlemesine genişleme ifadesinin de bir temel unsurudur. Taş-maden ilişkisi, Kılıç Ali Paşa Camii'nde, Selimiye'nin aksine, kurşun kaplanan cephe satıhlarının çokluğu, ayrıca şakulî satıhlarda dikey ve yatay derzlerin diyagramatik biçimiyle Sinan'ın mimarisinde yeni bir boyut olarak karşımıza çıkmaktadır.

Caminin dışında dik, eğik, ufkî, şakulî, düz, yuvarlak ve keskin köşeli hatlar oluşturarak mimariye hakim olan farklı karakterdeki çizgiler, yapıyı saf geometrik biçimlerin bir bütünlüğü haline getirir; içeride ise farklı seviye ve yöndeki kemerler, yarım kubbeler ve bunların ufkî yarım daire kaidelerinin karşılıklı yönelişleri, tektoniklerin kümülatif beraberliğini tezyinî biçim bütünlükleri olarak insanlara sunar. İnsanı kuşatarak himaye eden bu biçimler, insanın, dünyayı koruma ve güzelleştirme sorumluluğunu gerçekleştirerek Allah'ın halifesi olma yolunda varlığın gereklerinin nasıl yerine getirileceğinin de gelişmiş örnekleridir.

Planların yüzeysel incelemesinden edinilen ilk intiba, merkezî kubbenin mihrap aksında iki yarım kubbeyle desteklenerek, yapının Ayasofya gibi ileriye doğru uzunlamasına geliştirildiği şeklinde oluşabilir. Ancak binaya girildiğinde hemen fark edildiği üzere, destek ayakları içine yerleştirilmiş kemerlerin ve yan cephelerde zemin kat pencereleri üzerinde kadınlar mahfelinin üç büyük kemerinin birbirine dik farklı iki istikamette kullanılması suretiyle yapıya kazandırılan zengin Osmanlı üslûp özellikleri, sanatkârâne başarının ötesinde bu yapıyı, Sinan'ın eli ile Süleymaniye'de yeni bir hüviyet kazanmış bulunan Ayasofya yapı örtüsünü ana hatlarıyla muhafaza ederek, yeni bir 'yerin' verilerini değerlendirerek, putlaştırma, tekrar etme yanlışına düşülmemiş yeni bir mimarî çözümün örneği haline getirmiştir.

Bu son dönem yapısı ile Sinan, mimariyi belirleyen İslâmî temeller sabit kalmak kaydıyla farklı çağ ve coğrafyalarda evrensel İslâmî gerçeğin değişen aktüel ve yerel etkenler altında nasıl gerçekleştirilmesi gerektiğini ortaya koymuştur.