Aynı tarihlerde Sinan Sokullu Mehmet Paşa'nın Kadırga Limanı yakınındaki cami ve medresesini (1571) inşa etmiştir. Rüstem Paşa Camii'ni Eminönü'nde 6 metre yükseklikte bir platform üzerine yerleştirerek İstanbul peyzajında nasıl etkili bir âbide haline getirmeyi sağlamış ise Sokullu Mehmet Paşa Camii'ni de, yakınındaki Küçük Ayasofya'nın sur içine gizlenen ve şehir görünümüne katılmayan yapı kitlesinin aksine, şehir dokusu içinde farklı bir konuma ve mimariye kavuşturmuştur.  Sokullu Mehmet Paşa Camii ve Medresesi'ni arazinin yüksek bir yerinde inşa ederek Kadırga Hamamı'nın iri cüssesinin şehir dokusundaki etkisini belirgin ölçüde aşacak şekilde tasarlamış olması, Sinan'ın yapı, fonksiyon ve "yer" arasında yoğun ilişkiler kurma iradesinin farklı bir tezahürüdür.
Cami, dik eğimli bir arazi parçası üzerinde, Kadırga Hamamı'ndan ve Küçük Ayasofya'dan yüksekte, zarif ahşap evlerin arasında, Edirnekapı Mihrimah Camii'ne benzer bir setin üzerinde inşa edilmiştir. Arazinin alt seviyesindeki küçük meydana bakan bu setin altında dükkân dizileri ve üzerinde kütüphane odasının bulunduğu muhteşem bir portal yer alır. Portalden geçerek loş merdiven boşluğundan dik basamaklarla avlunun ortasındaki şadırvanın geniş saçaklarını görerek enlemesine genişleyen ferah medrese avlusuna çıkıldığında caminin ve avlunun etkileyici mimarisi ile karşılaşılır.

Sinan, medrese avlusunun alçak revaklarında, birçok defa kullandığı armudî kemerleri, sütun başlığından itibaren kemer kolunun yarısına kadar olan şişkinlik ve koruma ifadesi ile bu noktadan itibaren kemer kilit taşına kadar da sivri armudî kemerin alt boşluğunun daralarak yükselmesi şeklindeki farklı iki biçim ifadesini birbirinden ayırarak kullanmış bulunuyor. Sinan'ın Zal Mahmud Paşa Camii'nde ve külliyesinde mimarî unsurların birbirlerinden bağımsız hale getirilmesi şeklindeki yönelişinin bir ürünü olan bu yeni kemer biçimi, medrese ve cami kitlelerinin ilişkisinde de yeni bir çözümlemeyle ortaya çıkmaktadır. Bu ilişki biçimi, İshak Paşa Camii ve Medresesi'nde
 

(İnegöl-1394) gördüğümüz cami son cemaat yerine yönelik, 'U' biçiminde, bir tarafı camiye doğru açık avlu ile cami son cemaat yerinin aralarında boşluk bırakılarak bir araya getirilmeleri yaklaşımına benzer bir örnektir. Medreseyi Şehzade Külliyesi'nde olduğu gibi camiye doğru açık iki yan ve orta koldan oluşan bir yapı olarak tasarlamış, medrese revaklarının cami ile ilişkisini kopartmış, medrese ve camiyi orta avlu etrafındaki bir bütünlük olarak düzenlemiştir.

Zal Mahmud Paşa'da olduğu gibi, Kadırga Sokullu Mehmet Paşa Camii giriş cephesi revaklarını medrese revaklarından ayıran Sinan, hem cami giriş revaklarını, hem de medrese revaklarının dayandığı ve ölçüleriyle avlunun iki yan kapısını oluşturan, her birinin üzerinde birer odanın yer aldığı yeni bir mimarî unsuru cami kitlesinin ve revaklarının bir uzantısı ve bir ekleme elemanı olarak değerlendirmiştir.  Caminin üzerinde yer aldığı platform dışında, kıble duvarının biraz ilerisinde, yüksek bir duvarın taşıdığı ve üzerinde tekkenin yer aldığı ikinci bir platform bulunur.
 

Cami-medrese avlusuna yan cepheden veya kıble aksı üzerindeki âbidevî kapıdan giren insan, külliyenin her noktasında nerede olduğunun bilincine sahip olarak mimariyi okur ve yaşar; mimarinin fizikî çevrenin zengin ve farklılaşan özellikleriyle bütünleşmesini fark etmenin heyecanına erişir.
Medrese revakları baklavalı, cami revakları ise stalaktitli sütun başlıklarına sahiptir. Cami giriş cephesinde, yüksek sütunların taşıdığı sivri kemerlerden oluşan revakın orta aksı sağ ve soldaki açıklıklardan biraz daha geniş tutulmuş olup bu aks üzerindeki kubbe, revak saçak silmesinden az yüksek bir kaide üzerine oturtulmuştur. Medresenin revak kubbelerinin aksine, cami revak kubbelerinin müstakil kaideler üzerine ve orta giriş aksı kubbesinin ise daha yüksek bir seviyeye yerleştirilmiş olması, camiyi oluşturan mimarî biçimlerin tek tek belirginleşmiş bireyler haline getirilmesi yönünde bir iradenin tezahürüdür.
Merkezî kubbe, camiyi oluşturan ve enlemesine genişleyen dikdörtgen kaidenin dört köşesine yerleştirilen dört yarım kubbeyle oluşturulmuş altıgen kaide üzerinde yükselmektedir.
 

 

 

Dört yarım kubbenin dikdörtgen kaide ile ilişkisi, köşe pandantif mukarnaslarıyla sağlanırken, pandantiflerin üzerleri de yarım kubbelerin yana itme güçlerini karşılayacak küçük kubbelerle örtülmüştür.
Caminin kıble duvarının iki köşesini destekleyen güçlü ayakların üzerine yerleştirilen iki kubbe gibi, dikdörtgen yapı kaidesinin giriş cephesi üzerinde, köşelerde yer alan diğer iki kubbe de, statik ve mimarî meselelerinin bir bütünlük olarak çözümlenmesi sırasında, gerçek görevlerini yerine getirirken mimarî içinde her bir eleman gibi aynı zamanda tezyinî unsurlar olarak yer almaktadir.

Orta kubbeli mekân, giriş cephesinde kadınlar mahfeli merdivenlerini içine alır şekilde genişletilmiş ve girişin iki yanındaki iki ayağı örten sivri tonozla giriş mekânının üzerinde kadınlar mahfelini iki ayrı kısma ayıran bir mekân oluşturulmuştur. Giriş için vücuda getirilen ve iç mekânın kapıya doğru bir niş oluşturmasını sağlayan bu düzenlemede, cami avlusuna bakan bu yörede etkili ve üst üste üçer armudî kemerli pencere gibi, mihrap üzerinde de aynı şekilde karşılıklı olarak üst üste üçer pencere yer almakta, böylece orta mekânın bu mihver üzerinde güçlü bir şekilde dış mekâna bağlanmasına ve günün her saatinde caminin farklılaşan bir ışıkla aydınlanmasına imkân sağlamaktadır.
Cami mekânının iki yan cephesinde yer alan kadınlar mahfelinin kesintisiz olarak yapının taşıyıcı büyük mimarî unsurlarından (ayaklardan) bağımsız olarak iki yan cephenin önünde yer almış olması, ilk defa uygulandığı Sokullu Mehmet Paşa Camii'ne belirgin özelliğini kazandıran bir husustur. Minber, vaiz kürsüsü ve müezzin mahfeli gibi kadınlar mahfeli de, narin mermer sütunların ve renkli mermer kemerlerin keskin çizgileriyle, cami içinde bağımsız bir şahsiyet olarak yer alır. şehzade, Süleymaniye ve Selimiye'nin mihrap ve dış yan cephelerinde yer alan direkliklerle yapı kitlesinin zeminle ilişkisini keserek yapıya boşlukta duruyormuş ifadesi kazandıran çözümler, burada, yapının iç düzenlemesinde gündeme getirilmiş olmaktadır.

Sinan'ın Zal Mahmud Paşa'da, yapının unsurlarını bütün içerisinde bağımsızlaştırmaya yönelik rasyonalist ve dekonstrüktivist olarak tanımlanabilecek bir yaklaşımla kadınlar mahfelini kubbeyi taşıyan iki büyük ayakla irtibatlandırması, Kadırga Sokullu Camii kadınlar mahfeline bağımsızlık kazandırma iradesi ve medrese avlusunda armudî kemerlerin iki hüviyetini birbirin-den ayırması, bir biçim fantezisi değil, bütün eserlerinde izleri açıkça görülen bağımsız tektoniklerin tezyinî bütünlüğünü oluşturmaya yönelik bir çabanın yansımalarıdır.

Rüstem Paşa Camii'in çini kaplamaları kadar muhteşem olmasa bile, bu eserde de 16. asır çini sanatının müstesna örnekleri; kıble duvarında merkezî kubbe pandantiflerinde, minber külahında ve pencerelerin üstlerinde yer alır. Kubbe kasnağı kaidesinde 16. asra ait aslî bezemeler dikkati çekmektedir.

 Bu bezemelerin üslûp olarak benzerleri, giriş kapısıüzerindeki balkonun taşıyıcı konsollarında ve konsollar arasında, cami giriş kapısının açıldığı boşluğun tavanında, müezzin mahfeli tavanında görülür. Bunlar Osmanlı mimarî bezeme sanatının bugüne ulaşabilen az sayıdaki orijinal örnekleri olarak koyu kırmızı ve altın sarısı renkleriyle mavi-beyaz İznik çinilerine nasıl bir çerçeve teşkil ettiklerini göstermeleri bakımından özel bir önem taşımaktadır.
Bu zengin örtünün üzerinde yer alan göz seviyesindeki pencerelerle dış dünyaya bağlanan iç mekân, son cemaat-medrese avlusunun ışıklı, güneşli dünyasından girildiğinde insanı koruyan kubbelerin, yarım kubbelerin, kemerlerin, pencereli duvarların zengin bezemeleriyle bütünleştirilmiş sakin karakterleri ile vakur bezemelerin kıpırdayan satıhları, ibadete gelenleri güzelliğin mutluluğuna ulaştırıyordu.