Mimar Sinan, Selimiye'yi inşa ederken, Padişahın inşa üzerindeki hassasiyeti devam etmiş ve bu konuda sık sık fermanlar çıkararak, camiye desteğini devam ettirmiştir. Böyle bir eserin temelde müşterek fedakârlık duygusuna dayandığını göstermesi bakımından burada Saraydan camiyle ilgili çıkarılan fermanları görmekte fayda vardır:

Yeniçeri Ağasına hüküm ki: Şimdi Edirne'de yapılmakta olan yüce camide hizmet için, Türk üzerinde hizmet eden acemioğlanların eski ve yarar olanlarından, kanunları üzere yüz nefer oğlan yazıp yüce caminin yapımı için gönderesin, böyle bilesin.
3 Şevval 977 (1567)

Mimarbaşıya hüküm ki: Kutlu eşiğime mektup gönderip Edirne şehrinde yapılmasını buyurduğum caminin yapım durumunu ve yapıcı ve doğramacı ve ırgatın ne mertebeye eriştiğini bildirmişsin. Onunla ilgili ne demişsen öğrendim. Büyürdüm ki, emrim eriştikte bu konuya kendini iyice verip yapının bitirilmesinde usta, ırgat ve diğer çalışanların ücretlerini tam olarak verilip kimseye kötülük edilmesin ve diğer bakımlardan gereği gibi çalışıp çabalayarak bütün gücünü ortaya koyasın.
6Rebiülewel979(1571)

Mimarbaşıya hüküm ki: Bundan önce kutlu eşiğime mektup gönderip, mermer için taş gemisini göndermek gerektiğini bildirdiğin için gemi gönderildi. Taş, reçber gemileriyle Ereğli'ye nakledilmiş olduğundan, gemi boş gelmiştir, imdi büyürdüm ki, bu emrim ulaştıkta gelen mermerleri Ereğli'den getirtip uygun gördüğün üzere binaya sarf edesin.
23 Zilhicce 979 (1571)

Edirne hazinesinin defterdarı olup, şimdi Edirne şehrinde yapılan yüce caminin bina emini olan Hasan'a: (Tanrı büyüklüğünü devam ettirsin) ve hassa mimarlarımın başına hüküm ki: Ulu sarayımın bölüklerinden, Edirne'de yapılan caminin mutemetliğine ve hizmet etmeğe atananların orada işlerinde olmadıkları, sırf başka işlerde bulunmak için kendilerini orada yapım işinde çalışmaya atatıp evlerinde ve kendi özel işlerinde oldukları bildirildi.
Büyürdüm ki: Bu emrim ulaştıkta hiç beklemeden yapıp yerine varıp bölük hakkından orada bulunanların kimler olduğunu görüp, bir kişiyi koruyup gözetmeksizin eksiksiz, fazlasız yazıp defteri kutlu eşiğime gönderesin. Bir kimseyi koruyup gözetmekten sakınasın.
28 Zilkade 979 (1571)

Mimarbaşına hüküm ki: Bu sırada Edirne'de yapılması emrim olan yüce camiye lâzım olan yazılar için Kâtip Molla Hasan'ı istemişsiniz. Şimdi adı geçen kişi söylenilen iş için atanıp gönderilmiştir. Varıp ulaştıkta yüce camide yapılması lâzım olan yerleri çini ile yazılacaklar ve sade yazı ile yazılacaklar olmak üzere gösterip uygun ve yakışır gördüğün gibi yazdırasın. (Kâşi eminine verildi.)
8 Muharrem 980 (1572)

Mimarbaşına hüküm ki: Mektup gönderip yüce binamın ne mertebeye vardığını, ana kemerlerin dördünün kilitlenip, dördünün kilitlenmek üzere olduğunu bildirip şahnişi, kubbesi ve duvarının süslü yapılması mı buyrulur, yoksa sade mi olur diye yüce emrimi dilemişsin. İmdi kesinlikle pencerelerine kadar çini olup, pencerelerinin üstüne çini ile Fatiha Sûresi yakışır ve uygun gördüğü üzere yazdırasın. (Zaim Ali'ye verildi.)
4 Rebiülevvel 980 (1572)

Hassa Mimarbaşı Sinan Ağaya hüküm ki: Mektup gönderip Edirne şehrinde yapılmakta olan caminin şu sırada kubbeye geldiğini, haremde şadırvan etrafı ve dört yanda olan kapıların girişleri ve merdiven sahanlarının, sofaların döşemelerin küfedeki (bir cins adi taş) olmasının uygun olduğunu ve yüce caminin çevresinin donatılması için yakınında olan boş arazide yepyeni bir meyve kapanı yapılmasını bilirkişilerin uygun gördüklerini ve eski saray yanında bulunup boyu yüz altmış arşın, eni otuz arşın olan boş arazide on ev yapılmasının uygun görüldüğünü bildirmişsin. Öylece yaptırıp tamama eriştiresin. Ama boş harcama ihtimali olmasın. Ve kapan işi için alınması lâzım olan evleri bedelleriyle miriden alıp uygun gördüğün gibi yaptırasın. (Mimarbaşına verildi.)
13 Zilkade 980 (1572)
 

Hassa Mimarbaşı Sinan'a hüküm ki: Bu sırada kutlu eşiğime mektup gönderip, yüce caminin kubbesinin Ulu Allah'ın emriyle kavuşturduğunu bildirmişsin. Ve mektubunda gelen dervişten cami ne zaman bitip içinde namaz kılınmak ne zamanda olur, diye soruldukça, kurban bayramında ancak olur diye cevap verdi. İmdi, caminin durumu tam olarak bilinmekte, gerekli ve önemli olduğundan, büyürdüm ki: Emrim vardıkta yüce caminin şimdiden sonra olacak yapımı nedir ve kış içinde işlenmekte zarar olmak ihtimali yoksa, dikkat edip özenildiğinde kurban bayramına kadar namaz kılmak mümkün müdür, değil midir? Şüpheli ve anlaşılmaz bir nokta kalmayıp,açık seçik yazıp kutlu eşiğime sunasın. (Lütfi Çavuşa verildi.)
27 Rebiülevvel 981 (1573)
 

Edirne Kadısına hüküm ki: Bundan önce tarafımdan Edirne şehrinde yeni olarak yaptırılan yüce caminin, Allah'ın yardımıyla bu mübarek yılda tamamlandığı bildirilmiştir. Şaban ayının on ikinci günü, ki cuma günüdür, namaz kılınmasına başlanmasını emredip büyürdüm ki: Fermanım  uyarınca, caminin ilgililerinin görev ve maaşlarını, emrim uyarınca belirtildiği üzere yerli yerine koyasın ve sonra Allah'ın izniyle belirtilen günde namaz kılınmağa başlatırsan ki, saltanatımın devamına ve ululuğumun kalıcılığına dua etmekle meşgul olalar. (Saraçlardan Perviz'e verildi.)
16Receb982(1574)